Az epés reflux kezelése nagyon nehéz feladat. Amennyiben a reflux epés megbetegedéssel párosul, az nagyon sok gondot okozhat. Ha begyullad az epehólyag, s ezt időben észrevesszük, eltávolítódik laparoszkóppal, viszont ha nem, akkor várni kell, amíg a gyulladás csökken (kb. egy hónapot), ami közben nagyon sok, erős görccsel társul. A reflux fennállása miatt a gyomortartalom az epe által termelt váladékkal együtt visszafolyik a szájüregbe, és számtalan más gyötrelemre is számíthatunk. Amíg az epehólyag eltávolításának megfelelő idejére várunk, antibiotikumos kezelés javasolt, ágyban fekvés, és kihangsúlyozottan szigorú diéta.
Az epeproblémák genetikailag is örökölhetőek, ez ellen nem sokat tehetünk, viszont akkor is kialakulhatnak, ha elhízunk, vagy nagyon sok zsíros élelmiszert fogyasztunk. Az epés reflux kezelése diétával és gyógyszeres kezeléssel történik. A diéta olyan élelmiszereken alapul, mint a zöldségek és az alapélelmiszerek (pl. tej, hús), ugyanakkor fontos, hogy kerüljük a fűszereket, a szénsavas italokat, az alkoholt, a zsírt.
Az epés reflux kezelése nem egyszerű. Az epegyulladást, epekövet könnyen lehet gyógyítani: műtéttel, modern technológia alkalmazásával könnyen megoldják, és a beteg néhány nap elteltével távozhat is a kórházból. Viszont a reflux kezelése már sokkal nehezebb feladat.
Az epés reflux kezelése magában foglalja a diétát is, viszont ez nem elég ahhoz, hogy megszűnjenek a panaszok, gyógyszeres kezelés is szükséges. Ma már a reflux megszüntetésére alkalmaznak műtéti beavatkozást, és kísérleteznek endoszkópos kezeléssel is.